Федеральное агентство морского и речного транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом в сфере морского и речного транспорта, в том числе в отношении морских рыбных портов в целях развития транспортного комплекса.

Основными функциями Федерального агентства морского и речного транспорта в установленной сфере деятельности являются:
- оказание неопределенному кругу лиц на установленных федеральным законодательством условиях государственных услуг, имеющих общественную значимость, в том числе в целях реализации межгосударственных и федеральных целевых программ;
- издание индивидуальных правовых актов на основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов и поручений Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации и Министерства транспорта Российской Федерации.